A Fundação MS realiza trabalhos de pesquisa aplicada em 9 unidades em Mato Grosso do Sul. Sua atuação é sempre pautada em demandas advindas dos produtores rurais do estado, que na sequência recebem as informações e resultados em um sistema de trabalho chamado de 2D´s – Demanda e difusão. Através do Conselho Técnico-Científico (CTC) os problemas e desafios são levantados por seus membros, os pesquisadores elaboram protocolos de pesquisa que são levados ao campo, após todo o manejo, colheita e tabulação dos dados, os resultados são apresentados em cada uma das unidades de pesquisa por meio dos dias de campo, apresentações de resultados, portal do Associado e também o Showtec.